Caractérisation des profils de blocage ribosomique in vitro

Seip, B., Sacheau, G., Dupuy, D., Innis, C.A. (2018). Ribosomal stalling landscapes revealed by high-throughput inverse toeprinting of mRNA libraries. Life Science Alliance 1 (5).

Nous présentons l'inverse toeprinting (désormais appelé iTP-Seq), une méthode de profilage in vitro qui localise les ribosomes bloqués sur l'ARNm avec une résolution au niveau du codon. Cette technique repose sur l'utilisation d'une exonucléase ARN 3' à 5' hautement processive (RNase R), de sorte que le ribosome de tête bloqué sur un transcrit donné protège l'ARNm en amont du site d'arrêt contre la dégradation. Comme l'ensemble de la séquence codant pour le peptide est préservé, il n'est pas nécessaire de connaître au préalable les séquences des transcrits. Ainsi, la nature et la complexité de la banque d'ARNm initiale peuvent être adaptées à des fins spécifiques, telles que la caractérisation à grande échelle d'antibiotiques dépendants du contexte ou la mutagénèse profonde de séquences spécifiques induisant un arrêt de la traduction.