innis lab
Nos outils préférés
Premiers pas avec l'iTP-Seq
-
Protocoles.io
-
Module Python et outil de ligne de commande itpseq
Télécharger | Documentation
-
Études de cas
Beckert et al. (2021) Nat Commun
Leroy et al. (2023) Nat Chem Biol
iTP-Seq
Développé dans notre groupe, l'iTP-Seq est une méthode de profilage in vitro conçue pour caractériser la traduction bactérienne avec une résolution à l'échelle du codon (Seip et al., (2018) Life Sci Alliance).
iTP-Seq peut être utilisé sur tout type de banque d'ARNm, y compris les banques aléatoires dont le contenu en séquences n'est pas connu à l'avance. Il permet ainsi d'étudier précisément la modulation de la traduction issue de la séquence d'ARNm, sans se limiter aux séquences d'un génome donné.
À ce jour, nous avons utilisé iTP-Seq (1) pour étudier comment les antibiotiques ciblant les ribosomes exercent des effets dépendants du contexte (Leroy et al. (2023) Nat Chem Biol) — une étape importante vers le déchiffrement de leurs mécanismes d'action détaillés, et (2) pour effectuer des caractérisations approfondies des séquences induisant l'arrêt de la traduction, telles que les peptides leaders des gènes de résistance aux antibiotiques (Beckert et al. (2021) Nat Commun) .
L'adaptabilité et l'évolutivité de l'iTP-Seq en font un outil puissant pour étudier la régulation de la synthèse protéique au-delà de l'action des antibiotiques ou des peptides d'arrêt. Par exemple, nous utilisons actuellement l'iTP-Seq en collaboration avec les groupes Balíková-Novotná (BIOCEV, Prague) et Boël (IBPC, Paris) pour décortiquer respectivement les mécanismes d'action des protéines ABC-F de résistance aux antibiotiques (ARE) et de contrôle de la traduction.
Cryo-EM à particule unique
Pour obtenir des informations structurales, nous utilisons la cryo-EM à particule unique pour une analyse à haute résolution des complexes ribosomiques.
Nous bénéficions d'un accès privilégié à la plateforme de cryo-EM de l' Institut Européen de Chimie et de Biologie (IECB) de Bordeaux, dotée d'un microscope électronique à transmission Glacios de 200 kV équipé d'une caméra Falcon IV et d'un filtre d'énergie Selectris, ainsi que d'un cluster dédié au traitement des données.
Microfluidique en gouttes
En collaboration avec l'équipe Baret (CNRS - CRPP), notre groupe a mis en place une station microfluidique de pointe, intégrant des contrôleurs de pression de précision, un amplificateur haute tension pour la pico-injection et le tri de gouttelettes, et trois lasers indépendants pour la détection de fluorescence.
Cette station permet l'analyse parallèle de millions de cultures bactériennes individuelles encapsulées dans des gouttelettes de la taille de quelques picolitres, ouvrant la porte à la découverte ou la caractérisation de composés antimicrobiens.
Génération de gouttelettes
Pico-injection
Bactéries fluorescentes dans des gouttes